La rupture conventionnelle pendant un arrêt maladie reste un mécanisme légal, mais son cadre pratique s’est durci depuis le début de l’année 2026. Entre la hausse de la contribution patronale et la réforme de l’assurance chômage prévue au 1er septembre 2026, l’arbitrage financier a changé pour les deux parties. Pour un dirigeant de TPE-PME, comprendre ces évolutions permet d’anticiper les coûts réels et d’éviter les contestations ultérieures.
Contribution patronale à 40 % : le surcoût qui change la donne en rupture conventionnelle
Depuis le 1er janvier 2026, la contribution patronale spécifique sur les indemnités de rupture conventionnelle est passée à 40 % contre 30 % depuis septembre 2023. Cette hausse, inscrite dans le PLFSS 2026, alourdit significativement la facture pour l’employeur.
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Prenons un exemple concret. Sur une indemnité de rupture conventionnelle excédant le montant légal de licenciement, l’entreprise doit désormais verser à l’Urssaf une contribution forfaitaire plus élevée. Pour une TPE dont la trésorerie est déjà sollicitée par le maintien de salaire et les cotisations pendant l’arrêt maladie du salarié, la charge cumulée peut peser lourd.
Ce surcoût modifie les comportements. Certains employeurs préfèrent désormais attendre la fin de l’arrêt maladie pour engager une procédure de licenciement pour inaptitude (si elle est médicalement constatée), plutôt que de négocier une rupture conventionnelle pendant la suspension du contrat. Le calcul économique n’est plus le même qu’il y a deux ans.
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Arrêt maladie ordinaire ou accident du travail : deux régimes, deux niveaux de risque
La jurisprudence distingue nettement ces deux situations, et la confusion reste fréquente chez les dirigeants. Le cadre applicable est fixé par les articles L. 1237-11 à L. 1237-16 du Code du travail, consultables sur le site officiel Légifrance, tandis que le détail des droits du salarié en arrêt est décrit sur le portail Service-Public.fr.
Arrêt maladie classique
Pendant un arrêt pour maladie non professionnelle, la rupture conventionnelle est autorisée sans restriction légale spécifique. Le contrat de travail est suspendu, mais rien n’interdit aux parties de convenir de sa rupture amiable. La Cour de cassation l’a confirmé à plusieurs reprises : l’arrêt maladie ne constitue pas en soi un obstacle.
La seule exigence porte sur le consentement. Le salarié ne doit pas avoir subi de pression liée à son état de santé ou à la crainte d’un licenciement. Si l’employeur laisse entendre que le poste sera supprimé ou que l’arrêt pose problème, le consentement peut être qualifié de vicié.
Maladie professionnelle ou accident du travail
La situation est plus délicate. Le Code du travail encadre strictement la rupture du contrat pendant la suspension liée à un accident du travail ou une maladie professionnelle. La rupture conventionnelle reste théoriquement possible, mais la vigilance du juge est renforcée. Toute irrégularité dans le recueil du consentement ou dans le calcul de l’indemnité expose l’employeur à une requalification en licenciement nul, avec les conséquences financières que cela implique.
Pour un dirigeant de PME, la recommandation est simple : en cas de maladie professionnelle ou d’accident du travail, il est préférable de se faire accompagner par un conseil juridique avant d’engager la moindre discussion avec le salarié.
Consentement du salarié en arrêt : le point de fragilité de la procédure
Le consentement libre et éclairé est le pilier de toute rupture conventionnelle. Pendant un arrêt maladie, ce consentement est par nature plus fragile, et c’est précisément ce que les juges examinent en cas de litige.
Plusieurs éléments peuvent conduire à l’annulation de la convention :
- Un salarié sous traitement médicamenteux lourd (antidépresseurs, anxiolytiques) dont la capacité de discernement est altérée au moment de la signature
- Une pression exercée par l’employeur, même indirecte, comme l’évocation répétée de difficultés organisationnelles causées par l’absence
- L’absence d’information claire sur les droits du salarié, notamment sur le montant de l’indemnité légale et sur la possibilité de se faire assister lors des entretiens
- Un contexte de harcèlement moral antérieur à l’arrêt maladie, qui remet en question la liberté du consentement
Le cas du burn-out ou de la dépression liée au travail mérite une attention particulière. Si le salarié est en arrêt pour un motif directement lié à ses conditions de travail, la rupture conventionnelle risque d’être annulée si le salarié démontre que son état psychologique ne lui permettait pas de négocier librement. Les retours terrain divergent sur ce point : certains conseils de prud’hommes valident ces ruptures, d’autres les annulent systématiquement.
Réforme chômage de septembre 2026 : un paramètre à intégrer avant de signer
La réforme de l’assurance chômage votée en juin 2026 modifie directement l’intérêt d’une rupture conventionnelle pour le salarié en arrêt maladie. La durée maximale d’indemnisation chômage passe à 15 mois pour les moins de 55 ans (contre 18 mois auparavant) et à 20,5 mois pour les 55 ans et plus (contre 22,5 ou 27 mois selon les cas).
Pour un salarié en longue maladie qui envisageait de basculer de l’arrêt maladie vers l’allocation de retour à l’emploi (ARE) via une rupture conventionnelle, le filet de sécurité se réduit. L’arbitrage calendrier devient plus serré : accepter une rupture conventionnelle en cours d’arrêt signifie potentiellement plusieurs mois d’indemnisation en moins.
Côté employeur, cette réforme peut compliquer les négociations. Un salarié informé de la réduction de ses droits au chômage sera moins enclin à accepter une rupture conventionnelle, ou exigera une indemnité supra-légale plus élevée pour compenser la perte. Combinée à la contribution patronale à 40 %, la facture peut devenir dissuasive.
Indemnité de rupture conventionnelle et arrêt maladie : base de calcul et pièges courants
Le calcul de l’indemnité de rupture conventionnelle pendant un arrêt maladie suit les mêmes règles que hors arrêt : elle ne peut pas être inférieure à l’indemnité légale de licenciement. Le montant se calcule sur la base de la rémunération brute perçue avant la suspension du contrat.
Le piège classique pour l’employeur consiste à calculer l’indemnité sur la base des indemnités journalières versées pendant l’arrêt, qui sont inférieures au salaire habituel. Ce calcul est erroné et expose à un redressement. C’est le salaire de référence antérieur à l’arrêt qui sert de base.
Autre point de vigilance : la date de fin du contrat fixée dans la convention. Si le salarié est toujours en arrêt maladie à la date de rupture effective, il perd le bénéfice des indemnités journalières de la Sécurité sociale à compter de cette date. Il bascule alors soit vers le chômage (s’il est apte), soit vers une situation sans revenu temporaire s’il n’a pas anticipé ses démarches auprès de France Travail.
Procédure d’homologation pendant un arrêt maladie : les étapes à respecter
La procédure reste identique à celle applicable hors arrêt maladie, avec quelques précautions supplémentaires liées à l’état de santé du salarié.
- Au moins un entretien préalable entre les parties, au cours duquel le salarié peut se faire assister par un autre salarié de l’entreprise ou, en l’absence d’institutions représentatives du personnel, par un conseiller extérieur inscrit sur une liste préfectorale
- La signature de la convention de rupture, suivie d’un délai de rétractation de quinze jours calendaires pendant lequel chaque partie peut revenir sur sa décision sans avoir à se justifier
- L’envoi de la demande d’homologation à la DREETS (ex-Direccte), qui dispose de quinze jours ouvrables pour valider ou refuser la convention. En l’absence de réponse, l’homologation est réputée acquise
Pour un salarié en arrêt, l’entretien peut se tenir en dehors des locaux de l’entreprise si son état de santé le justifie. Aucun texte n’impose que l’entretien ait lieu physiquement dans l’entreprise.
Un point souvent négligé : le salarié doit recevoir un exemplaire original de la convention signée. L’absence de remise de cet exemplaire constitue un motif d’annulation, indépendamment de toute question liée à l’arrêt maladie. La Cour de cassation sanctionne ce manquement de manière constante.
La combinaison arrêt maladie et rupture conventionnelle reste un outil viable, mais le contexte réglementaire de 2026 en a resserré les marges. Le surcoût patronal, la réduction des droits au chômage et la vigilance accrue sur le consentement imposent aux dirigeants de TPE-PME de chiffrer précisément l’opération avant d’ouvrir les discussions, et de documenter chaque étape pour sécuriser la procédure.
